ふるさと納税制度をめぐっては、寄付者が住民税を控除され、都市部から地方へ税収が流出しているとの見方もある。都市部の自治体からは「このままでは行政サービスの低下につながる」との声が上がる。
総務省によると、平成３０年度にふるさと納税で控除される住民税は全国で約２４４８億円（前年度比約１・３倍増）。都道府県別では、東京都の約６４５億円を筆頭に、神奈川県（約２５０億円）、大阪府（約２１０億円）、愛知県（約１８０億円）が続き、都市部での減収が目立つ。
住民税の控除額が急激に伸びる川崎市。２７年度に２億円だったが減収分は、ふるさと納税などの影響で、２９年度には３０億円に。３１年度は４９億円に達する見込みだ。本来、減収分の７５％は交付税で補填（ほてん）されるが、同市は独自の税収で財政運営ができるとして、交付されない。減収分はそのまま歳入減につながり、市の危機感は強い。
同じく不交付団体の東京都杉並区も、直近５年間の減収分は計約４０億円に上り、学校１校分の改築費に相当するといい、同区は「この状態が長く続けば、行政サービスの低下につながりかねない」と危惧している。
関西の都市部でも税の流出傾向が顕著。神戸市では２６年度まで寄付額が控除額を上回る黒字状態だったが、２７年度から逆転。２９年度の差額は約２６億円に及んだ。大阪市でも３０年度、約８万人がふるさと納税を行い、約５５億円が減収している。
