豊洲市場は東京ガスの工場跡地に整備。ベンゼンなどの有害物質による土壌や地下水の汚染が確認されたため、都は平成23年8月から約850億円かけて土壌汚染対策を実施した。対策については、専門家会議の提言を受け、約40ヘクタールの敷地内の表土を約2メートル削って汚染を除去した上で、きれいな土を搬入し、4・5メートル分の盛り土を行うと都議会やホームページなどで説明していた。
だが、都によると、食品を扱う水産卸売場棟▽水産仲卸売場棟▽青果棟など-主要な5棟については建築設計を行う際、配管などを通すため床下に約4・5メートルの地下空間を設ける必要が生じたため、実際には土壌を除去しただけで、盛り土は実施しなかったという。
都は5棟の床下に厚さ35〜45センチのコンクリート層を設けたことなどを理由に「安全上の問題はない」としているが、汚染対策の専門家への意見聴取などはしておらず、小池氏は移転の判断を行う前に改めて専門家に検証を依頼する考えを示した。